La dotazione di Horizon Europe è pari a 95,5 miliardi di euro (in prezzi correnti), di cui 90,1 provenienti dal tradizionale bilancio comune e 5,4 dal PianHORIZON EUROPE BUDGETo per la ripresa dell'Europa (Next Generation EU).

Più della metà del budget (56%, pari a circa 53.5 miliardi di euro) è destinato al secondo pilastro - Global Challenges and European Industrial Competitiveness. A seguire il primo pilastro - Excellent Science (26%, pari a circa 25 miliardi di euro) e il terzo pilastro - Innovative Europe (14%, pari a circa 13.5 miliardi di euro). Infine l'azione trasversale - Widening participation and strengthening the European Research Area, a cui viene assegnato poco meno del 4% del budget, pari a circa 3 miliardi di euro.

Complessivamente, i sei cluster di Horizon Europe assorbono circa il 54% delle risorse del Programma e, in linea con le priorità della Commissione europea, al cluster 4 (Digital, Industry and Space) e 5 (Climate, Energy and Mobility) vengono assegnati rispettivamente 15.3 e 15.1 miliardi di euro. A seguire il cluster 1 (Health) con 8.2 miliardi di euro. In generale, la singola linea di finanziamento che complessivamente assorbe più risorse è l'ERC: il Consiglio europeo della ricerca con circa il 16,75% ha infatti un budget pari a circa 16 miliardi di euro. All'European Innovation Council vengono invece destinati circa 10 miliardi di euro, pari al 10,5% del budget complessivo.

Di seguito il dettaglio completo del budget:

Horizon Europe Misura Miliardi di € % sul totale
Pillar I ERC 16,004 16,75%
MSCA 6,603 6,91%
Research infrastructures 2,406 2,52%
Pillar II Cluster 1 8,246 8,63%
Cluster 2 2,281 2,39%
Cluster 3 1,597 1,67%
Cluster 4 15,348 16,07%
Cluster 5 15,123 15,83%
Cluster 6 8,952 9,37%
JRC 1,97 2,06%
Pillar III EIC 10,105 10,58%
Innovation Ecosystems 0,528 0,55%
EIT 2,966 3,11%
Widening participation and strengthening the ERA Widening participation and spreading excellence 2,955 3,09%
Reforming and enhancing the European R&I system 0,438 0,46%
    95,522 100,00%